El departamento de Bioquímica está ubicado en un eje biosanitario privilegiado. A escasa distancia de la Facultad de Medicina se encuentran los hospitales La Paz, Ramón y Cajal y Carlos III, así como el Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) y el Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III (CNIC). En proximidad al campus de Cantoblanco se encuentra el Departamento de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias, el Centro de Biología Molecular «Severo Ochoa» (CBM), el Centro Nacional de Biotecnología (CNB), y el Parque Científico de Madrid (PCM). Pocos kilometros más allá está la ciudad de Tres Cantos, donde se ubican muchas empresas del sector biotecnológico. Este rico ambiente científico permite establecer un gran número de interacciones tanto de docencia en investigación, prácticas externas, trabajos fin de grado, máster y tesis doctorales, como colaboraciones de alto nivel y productividad.
El Departamento de Bioquímica es parte del Instituto de Investigaciones Biomédicas Sols-Morreale (IIBM), un centro mixto con representación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y la UAM. Muchos profesores tienen su grupo de investigación integrado en Institutos de Investigación Sanitaria, principalmente el IdiPAZ, y en Centros de Investigación Biomédica en Red (CIBER) del Instituto de Salud Carlos III, que hoy día constituyen el principal motor de la investigación biosanitaria de excelencia en España.
El departamento dispone de unos 30 proyectos de investigación competitivos financiados por entidades locales, nacionales e internacionales así como contratos con empresas. La información concreta sobre la actividad investigadora del Departamento de Bioquímica se encuentra en las páginas personales de cada profesor y en la página web del IIBM.